يعتبر قسم الشؤون المالية من الاقسام الحيوية في جامعة كربلاء ويتكون من العديد من الشعب المختصة في الامور المالية وهي:
1- شعبة الموازنة الجارية
2- شعبة الرواتب
3- شعبة التقاعد
4- شعبة الخطة الاستثمارية
5- شعبة التخطيط المالي
1- شعبة الموازنة الجارية: تنظيم مستندات الصرف وتنظيم مستندات قيود تسويات السلف وتحرير الصكوك الخاصة بالكليات و الرئاسة.
وكل موظف في هذه الشعبة مسؤول عن سجل خاص ومن هذه السجلات (السجلات اليومية، سجل المصروفات، سجل الامانات و الايرادات، وسجل السلف, سجل مصروفات نثرية, وسجل مراقبة المستندات)
2- شعبة الرواتب: تختص شعبة الرواتب بعمل القوائم الخاصة برواتب الموظفين العاملين في الرئاسة، بالاضافة الى المعاملات الخاصة بالاجازات الدراسية, الزوجية, الاطفال, و التقاعد.
3- شعبة التقاعد: وهي أحد شعب قسم الشؤون المالية في رئاسة جامعة كربلاء ولها مهمتين رئيستين هما:
1- التقاعد: متابعة التوقيفات والمساهمة التقاعدية لمنتسبي الجامعة بجميع كلياتها وتنظيمها ببرنامج الكتروني وارسالها الى صندوق تقاعد موظفي الدولة وبالاضافة الى صك بالمبالغ المستحقة للصندوق المذكور اعلاه
2- الاستقطاعات: متابعة استقطاعات منتسبي الجامعة بجميع كلياتها من خلال كشوفات الرواتب، وترسل الى الدوائر المستفيدة او او الدائنة وهي على انواع منها: سلف الموظفين من المصارف، الايجارات، أوامرمديرية التنفيذ، و استقطاعات العقاري و الاسكان.
4-شعبة النفقات الاستثمارية: تقوم بادارة ومتابعة انجاز العمل من قبل الشركات الخاصة بالمشاريع في المدينة الجامعية (فريحة) وموقع الجامعة القديم (حي الموظفين) وكذلك صرف المبالغ المستحقة لأصحاب الشركات وبموجب العقد المبرم معها عند تنفيذ المشروع.
5-شعبة التخطيط المالي: عمل هذه الشعبة تأييد التخصيص المالي و القيام بالمطابقة الشهرية لسجلات الكليات ومعرفة نسب انجاز الكليات ومراقبة الصرف من خلال المطابقة الشهرية.