ظهر أول معجون للأسنان بشكله الحالي في عام 1873 ويعرف معجون الأسنان على أنه «تركيبة كيميائية تستعمل بواسطة الفرشاة لتنظيف أسطح الأسنان بهدف تأمين الناحية الجمالية من تنظيف وتلميع والحصول على نفس ذي رائحة زكية ومنع الإصابة بتسوس الأسنان وذلك بإضافة العقاقير لمعالجتها مع الأنسجة الداعمة لها».
كانت أقدم محاولة معروفة لتصنيع معجون الأسنان في مصر قبل 5000 سنة، وكان يتركب من درخمة واحدة من الملح، ودرخمتين من النعناع، وعشرين حبة من الفلفل الأسود، وجزيئات من أزهار السوسن المجففة – التي اكتشف العلماء حديثا أنها تشكل حماية من أمراض اللثة.و الدرخمة هي وحدة وزن دقيقة جداً تعادل جزءاً من مئة جزء من الأونصة، وهذه الكمية بالطبع لا تملأ أنبوبة معجون الأسنان، ولذلك كانوا يصنعونها في كل مرة لتنظيف الأسنان لمرة واحدة فقط.
ويقول «هاينز نيومان» أحد أطباء الأسنان المشهورين إنه حاول أن يصنع التركيبة السابقة بنفسه، لكنه وجدها غير مريحة وتسبب ألماً في اللثة غير أنه شعر بالانتعاش الشديد والنظافة المتناهية.
وقالت «ليزا شواباش شيريف» أمينة متحف الآثار المصرية في سان خوسيه بكاليفورنيا: إن المصريين القدماء كانوا يهتمون كثيراً بالأسنان وكانوا يطحنون المكونات لتكون ناعمة جداً وتختلط جزئيات الزهر (السوسن). وأضافت: أن المصريين القدماء جربوا علاجات مختلفة للأسنان واللثة، بما في ذلك مضغ علكة تشبه العلكة الحديثة حالياً من أجل إعطاء رائحة طيبة للفم ووضعوا فيها عسل النحل والنعناع ومواد مضادة للأمراض أيضاً.
ويذكر أن الباحثين اكتشفوا تركيبة لمعجون الأسنان في وثائق من ورق البردي (الفرعوني) في فيينا بالنمسا. ويضيف هذا الاكتشاف أيضاً دليلاً جديداً على أن النظام الطبي في مصر القديمة كان من أكثر النظم تقدماً في ذلك الوقت. و في القرن التاسع، قام زرياب باختراع أول معجون للأسنان، الذي شاع في جميع أنحاء الأندلس. ولا تعرف حاليًا مكونات هذا المعجون على وجه الدقة، لكن قيل أنه حقق على حد سواء «الوظيفية والطعم الجيد».
وبحلول عام 1900 تطورت صودا الخبيز (بيكربونات الصودا) بإضافة كمية صغيرة من بيروكسيد الهدروجين (ماء أوكسجيني) إليها، وكان ذلك بداية لتسويق المعجون سالف الذكر. لكنه لم يتخط شعبية مساحيق الأسنان المعروفة حتى الحرب العالمية الأولى. كان معجون الأسنان يباع في السابق داخل جِــرآر صغيرة، وكان الناس يدفعون فرشاة الأسنان داخل الجرة لالتقاط جزء من المعجون، ثم يقومون باستخدام الفرشاة.
وفي عام 1892 فكر الدكتور «واشنطن وبنتورت شفيلد» في فكرة أفضل، فقد لاحظ أن الرسامين يبتاعون الألوان الزيتية داخل أنابيب معدنية، ففكر في اقتباس الطريقة لوضع معجون الأسنان في أنبوبة معدنية، ونفذ ذلك بالفعل وأحب الناس تلك الطريقة لما تنطوي عليه من نظافة وسهولة في الاستعمال وشاعت الفكرة وانتشرت على الفور. وبدأت إضافة الفلورايد إلى معاجين الأسنان في خمسينات القرن العشرين.والفلورايد هي «أملاح الفلور» وتستعمل عادة لوقاية الأسنان من الإصابة بالنخر وأّهمها «فلوريد الكالسيوم» و «فلورايد الصوديوم».
ويقوم الفلورايد بالتمركز في مينا الأسنان مشكلاً مركب «الفلورباتيت» المقاوم للانحلال ويتمركز أيضاً في مناطق التسوس البدئية، وفي «اللويحات الجرثومية» حيث يبدأ ببطء بالتأثير الإيجابي على «المينا», وبالتأثير السلبي على عمل الحموض. بالإضافة إلى أنه يقوم بدور مضاد لنمو الجراثيم.