الأسنان المعالجة جذريا يمكن أن تفشل في الشفاء، على سبيل المثال إذ طبيب الأسنان لم يجد ونظف وعبئ جميع القنوات الجذرية في السِّن. أَرْحاءالفك العلوي، هنا كفرصة أكثر من 50% أن السِّن له أربع أنفاق جذرية بدل امن ثلاثة فقط. النفق الرابع غالبا ما يسمى «إِنْسِيٌّ الشِدْقِ 2»، يميل إلى أن يكون صعب جدا إيجاده وغالبا مايتطلب أدوات خاصة وتكبير من أجل أن يرى (أكثر شيوعا في أول الأَرْحاء العلوية، وقد أظهرت الدراسات متوسط من 76% تصل إلى 96% وجود نفق MB2 في هذه الأسنان)، هذه القناة المصابة بالعَدْوَى قد تسبب استمرار العَدْوَى أو «نوبات احتدام» في السِّن. أي سن يمكن أن يحوي أكثر من نفق جذري على عكس المتوقع، ويمكن أن لا تُرى هذه القنوات عندما يتم تنفيذ نَفَقُ الجَذْرِ. في بعض الأحيان قد يكون شكل الأنفاق غير عادي، مما يجعلها مستحيلة التنظيف والملء تماما. لذلك قد تبقى بعض المواد المصابة في النَفَقُ الجَذْرِي.
أحيانا تعبئة النَفَقُ الجَذْرِي لا تمتد إلى القمة تماما، أو أنه لا يملئ النَفَقُ الجَذْرِي بكثافة كما يجب. في بعض الأحيان قد يثقب جذر الأسنان بينما يتم معالجة النَفَقُ الجَذْرِي، مما يجعل من الصعب ملء الأسنان. يمكن ملء الثقب بمادة إصلاح الجذرية مثل المستمدة من الإسمنت الطبيعي (mineral trioxide aggregate]] (MTA]]. غالباً يمكن للمتخصص إعادة علاج فشل الأنفاق الجذرية، بعد العلاج تلتئم الأسنان، غالبا إعادة العلاج تتم بعد سنوات من الإجراء الجذري الأول.
على كل حال، بقاء أو وظيفة السِّن المعالج لبياً، غالبا ما يكون الجانب الأكثر أهمية من نتائج المعالجة اللُّبِّيَّة، بدلا من شفاء الجزء القِمِّيَّ للجذر فقط.[23][24] الدراسات الحديثة تشير أن المواد التي تستخدم عادة لتنظيف مساحة النفقُ الجَذْرِي تعقم القناة بشكل غير مكتمل.السِّن المستعاد (المحشو) بطريقة صحيحة بعد علاج نَفَقُ الجَذْرِ يعطي معدلات نجاح على المدى الطويل حوالي 97٪. في نطاق واسع من دراسة Delta Dental Study قرابة أكثرمن 1.6 مليون مريض خضعوا لعلاج قناة الجذر، 97% احتفظوابأسنانهم 8 سنوات بعد هذا الإجراء، مع أن معظم الأحداث الغير مرغوب فيها، مثل إعادة المعالجة وجراحةالقمي أو القلع، تحدث خلال أول 3 سنوات بعد المعالجة اللُّبِّيَّة الأولية.[25] الأسنان المعالجة لبيا أكثر عرضة للقلع يرجع ذلك بشكل اساسي إلى التدمير التسوسي الغير مرمم وإلى حدأقل لأسباب تتعلق بالمعالجة اللبية مثل فشل المعالجة اللُّبِّيَّة، وكسر الجذر الرأسي، أو الثقب (الخطأالإجرائي).[9]
